【結局どう直したか】
didRotateFromInterfaceOrientationで回していたレイアウト用のメソッドをviewWillLayoutSubviewsでも実行した
iOS5までは、didRotateFromInterfaceOrientationが起動時にも動いてくれてたのでよかったんですが、iOS6だと「横向きに起動したとき」に動いてくれないんですね。
なので、didRotateFromInterfaceOrientationではなく、viewWillLayoutSubviewsでコードを実行する必要がある、と。
ところがviewWillLayoutSubviewsはiOS5以降の機能なので、必然的にiOS4.x系統は死にます。
もっともそれ以外のいろんな点でiOS4系のサポートはやりたくないので寧ろこういう理由がついて嬉しい限りですが！
＃iOS5以降でないとUIStepperとかの一部コンポーネントは動かないし…